微波萃取設備主要是利用微波強烈的熱效應，但微波加熱方法不同于傳統的加熱方式。在傳統的加熱方式中，容器壁大多由熱的不良導體系成，熱由器壁傳導至溶液內部須要的時間；此外，液體名義氣化而引起的對傳播熱將構成自內而外的溫度梯度，因而僅一小部門液體與外界溫度相當。
   而微波加熱是一個內部加熱過程，它不同于一般的外加熱方式將熱量由外向內傳遞，能同時直接作用于內部和外部的介質分子，使全部物料被同時加熱，即為“體加熱”過程，從而可戰勝傳統的傳導式加熱方式所存在的溫度上升較慢的缺點。

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